Le crédit d’impôt pour la recherche rembourse 30 % des dépenses de recherche et de développement engagées par une entreprise, à jour au 1er janvier 2026. La limite est fixée à 100 millions d’euros de dépenses par an, selon l’article 244 quater B du Code général des impôts. Les PME au sens européen récupèrent cette somme immédiatement, sans attendre. Depuis le 15 février 2025, les amortissements, les frais de brevets et la veille technologique sont sortis du calcul : une vérification des dépenses déclarées s’impose avant toute nouvelle déclaration.
Le crédit d’impôt pour la recherche : ce qu’il faut savoir
Ce dispositif fiscal, le crédit d’impôt pour la recherche (CIR), est fixé par l’article 244 quater B du Code général des impôts, dont la version applicable est entrée en vigueur au 1er janvier 2026. L’État reverse une fraction des dépenses de recherche, sans condition de résultat : un projet qui échoue reste éligible s’il correspond à une démarche de recherche ou de développement expérimental.
Toute entreprise soumise à l’impôt sur les sociétés ou à l’impôt sur le revenu peut demander ce crédit. Elle peut être une TPE, une PME, une ETI ou un grand groupe, dès qu’elle engage des travaux répondant à cette définition. Une entreprise qui développe un nouveau procédé de fabrication peut ainsi inclure les salaires des ingénieurs affectés au projet dans le calcul.
Le régime de TVA choisi par l’entreprise n’a aucune incidence sur cette éligibilité. Contrairement aux règles encadrant la TVA en micro-entreprise, le CIR ne dépend ni du statut, ni du chiffre d’affaires, ni du régime fiscal choisi.
Dépenses éligibles au crédit d’impôt recherche
Le calcul part des salaires des chercheurs et des ingénieurs affectés aux travaux de recherche, auquel s’ajoute un forfait de frais de fonctionnement. Depuis le 15 février 2025, ce forfait est passé de 43 % à 40 % de la masse salariale de recherche, en application de la loi de finances pour 2025.
Les matières premières, le matériel de test et les consommables directement utilisés dans un projet de recherche entrent également dans le calcul, à condition d’être affectés exclusivement à cette activité. Une entreprise qui teste un prototype peut intégrer le coût des matériaux consommés pendant les essais.
La sous-traitance confiée à des organismes agréés est éligible dans la limite de 2 millions d’euros par an, portée à 10 millions d’euros lorsqu’aucun lien de dépendance n’existe entre les deux entreprises. Les travaux confiés à un prestataire non agréé par le ministère chargé de la recherche restent, eux, hors du périmètre du crédit d’impôt pour la recherche.
Exclusions depuis février 2025
Trois catégories de dépenses sont sorties du calcul à compter du 15 février 2025, en application de la loi de finances pour 2025. Il s’agit des dotations aux amortissements des immobilisations affectées à la recherche, des frais de prise, de maintenance et de défense de brevets et de certificats d’obtention végétale, et des dépenses de veille technologique. Le dispositif de doublement des rémunérations pour l’embauche d’un jeune titulaire de doctorat a lui aussi été supprimé à cette même date.
Taux et plafonds du crédit d’impôt recherche
Le taux de droit commun est de 30 % au 1er janvier 2026 pour la part des dépenses de recherche inférieure ou égale à 100 millions d’euros par an. Il est de 5 % au-delà de ce seuil au 1er janvier 2026, selon la doctrine fiscale applicable au calcul du CIR. En Guadeloupe, en Guyane, en Martinique, à Mayotte et à La Réunion, ce taux est porté à 50 % au 1er janvier 2026 jusqu’au même seuil, puis ramené à 5 % au-delà au 1er janvier 2026. Ces taux et plafonds sont fixés par la loi de finances et le Code général des impôts : aucune convention collective ni aucun accord d’entreprise ne peut les modifier.
Les PME au sens du droit de l’Union européenne obtiennent le remboursement de leur crédit immédiatement. Elles comptent moins de 250 salariés et ont un chiffre d’affaires inférieur ou égal à 50 millions d’euros ou un total de bilan inférieur ou égal à 43 millions d’euros. Pour une petite structure, ce remboursement rapide allège la trésorerie disponible, un point à surveiller avec la même attention que la méthode des treize semaines. Les autres entreprises doivent d’abord l’imputer sur l’impôt sur les sociétés dû au titre des trois exercices suivants, avant de pouvoir demander le remboursement du solde non utilisé.
Déclarer et récupérer le crédit d’impôt recherche
La déclaration spéciale n° 2069-A-SD se dépose dans le même délai que le relevé de solde de l’impôt sur les sociétés. En pratique, cela correspond au 15 mai pour un exercice clos au 31 décembre. Pour les entreprises relevant de l’impôt sur le revenu, le délai est celui de la déclaration annuelle de résultats. Comme pour la déclaration de TVA, ce calendrier est fixe et ne se négocie pas avec l’administration.
Au-delà de 10 millions d’euros de dépenses de recherche, deux formulaires annexes deviennent obligatoires : le n° 2069-A-1-SD, qui détaille les travaux et les moyens engagés, et le n° 2069-A-2-SD pour la sous-traitance. Leur absence est sanctionnée par une amende fiscale, selon les obligations déclaratives fixées par le Code général des impôts.
Les justificatifs se conservent plusieurs années : contrats de travail, bulletins de paie, factures de matériel et contrats de sous-traitance avec les organismes agréés. Une entreprise qui vient d’être créée doit réunir ces pièces dès le premier exercice de recherche, même si le crédit d’impôt pour la recherche n’est demandé que l’année suivante.
Risques de contrôle et sécurisation
L’administration fiscale vérifie la nature des travaux, la réalité des dépenses engagées et le respect des plafonds légaux. Un contrôle qui aboutit à une remise en cause du crédit d’impôt se traduit par un rappel d’impôt assorti d’intérêts de retard, parfois d’une majoration.
Les changements entrés en vigueur le 15 février 2025 créent un risque de redressement rétroactif pour les exercices antérieurs. Ce risque existe si des dépenses d’amortissement, de brevets ou de veille technologique ont été classées à tort dans le calcul avant cette date. Une relecture des déclarations des trois derniers exercices anticipe ce risque.
Il est possible de demander par avance à l’administration si un projet remplit les conditions d’éligibilité, via la procédure du rescrit fiscal. En cas de contentieux déjà engagé avec l’administration, un avocat en droit fiscal ou l’expert-comptable mandaté pour le dossier doit intervenir avant toute réponse écrite.
Questions fréquentes
Mon entreprise est-elle éligible au CIR si elle est déficitaire ou vient d’être créée ?
Oui. Le crédit d’impôt pour la recherche porte sur les dépenses engagées, pas sur le résultat de l’entreprise. Une société déficitaire ou nouvellement créée peut le demander dès qu’elle engage des travaux de recherche, et les PME au sens européen en obtiennent le remboursement immédiat.
Quelle est la différence entre le CIR et le crédit d’impôt innovation, et peuvent-ils se cumuler ?
Le CIR porte sur des travaux de recherche, tandis que le crédit d’impôt innovation vise des dépenses de conception de nouveaux produits. Une même dépense ne peut pas donner droit aux deux crédits : en cas de doute sur le classement d’un projet, un expert-comptable peut aider à répartir les dépenses correctement.
Les dépenses de sous-traitance confiées à un prestataire non agréé sont-elles éligibles au CIR ?
Non. Seules les dépenses confiées à des organismes agréés par le ministère chargé de la recherche entrent dans le calcul. Elles sont limitées à 2 millions d’euros par an, portée à 10 millions d’euros sans lien de dépendance entre les parties.
Que risque mon entreprise en cas de contrôle fiscal portant sur le CIR ?
Un contrôle qui remet en cause tout ou partie du crédit entraîne un rappel d’impôt, des intérêts de retard et, selon les cas, une majoration. Le risque est accru pour les exercices antérieurs à février 2025 si des dépenses désormais exclues ont été déclarées à tort.
Est-il possible de sécuriser à l’avance l’éligibilité d’un projet au CIR par rescrit fiscal ?
Oui, la procédure de rescrit fiscal permet d’interroger l’administration sur l’éligibilité d’un projet avant de le déclarer. Cette démarche sécurise la position de l’entreprise, mais ne dispense pas de conserver les justificatifs des dépenses engagées.
Sources
- Légifrance, article 244 quater B du Code général des impôts : https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000051215816
- BOFiP, calcul du crédit d’impôt recherche : https://bofip.impots.gouv.fr/bofip/6483-PGP.html/identifiant=BOI-BIC-RICI-10-10-30-10-20250813
- BOFiP, actualité liée à la loi de finances pour 2025 : https://bofip.impots.gouv.fr/bofip/14709-PGP.html/ACTU-2025-00105
- Légifrance, obligations déclaratives du Code général des impôts : https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000044922759
